Les ouvrages scientifiques ou techniques constituent la première catégorie de manuscrits illustrés. La science connaît en islam médiéval un extraordinaire développement, favorisé par de nombreuses traductions en langue arabe des textes grecs mais aussi syriaques, pehlevis et sanskrits. Les premiers manuscrits peints sont inspirés de modèles grecs, y compris pour les illustrations. Le De materia medica de Dioscoride fut l'un des premiers ouvrages scientifiques traduits : l'iconographie des plantes dans l'exemplaire copié en Mésopotamie au XII^e siècle est très proche d'un manuscrit grec. Le Livre des étoiles fixes d'al-Sûfî donna lieu à de nombreuses copies dont la plus ancienne conservée fut exécutée par le fils de l'auteur en 1009. Les constellations du zodiaque y sont représentées sous forme d'êtres animés, conformément à la tradition grecque mais en introduisant les canons physiques de l'époque. Dans bien des domaines comme la botanique, la pharmacologie, l'astronomie, la zoologie, la mécanique ou la géographie, de nombreux livres sont ornés de dessins ou de schémas à fonction didactique qui contribuent à la compréhension du texte. Certains manuscrits scientifiques peuvent être aussi ornés de scènes narratives comme cette "fabrication du plomb" du Dioscoride de 1224. Le Traité de la Thériaque, ouvrage de pharmacologie réalisé dans le Nord de l'Iraq en 1199 allie également herbiers de plantes médicinales et peintures accompagnant les récits sur la préparation de la thériaque, antidote contre les morsures de serpents.