Désigné du nom de « Recueil original des Pensées », ce manuscrit est constitué par l’assemblage de quarante et un cahiers totalisant 248 grandes feuilles de papier dont le nombre, à l’intérieur de chaque cahier, varie de trois à dix. Sur elles sont collées les notes que Pascal, de 1656 à 1662, c’est-à-dire du lendemain du miracle de la sainte Épine jusqu’à sa mort, avait accumulées en vue de l’apologie de la religion chrétienne dont il avait formé le dessein. La plupart des 741 papiers ainsi collés sont autographes, mais certains ont été copiés sous la dictée de l’auteur ou mis au net sous son contrôle.
Ce volume est d’autant plus précieux qu’il ne présente pas seulement la rédaction originale de la plupart des textes appelés à constituer le livre ultérieurement publié sous le titre de Pensées de M. Pascal sur la religion et sur quelques autres sujets : il porte également le témoignage d’un classement opéré par l’auteur, que trahissent les petits trous percés en tête d’un certain nombre de papiers collés. Ces piqûres sont la trace du passage d’un fil qui servait à tenir ensemble divers fragments, découpés par Pascal dans leur feuille d’origine et ainsi réunis par lui en « liasses » afin de classer les notes qu’il avait prises. La date de cette opération reste sujette à débat : vers juin 1658 selon Philippe Sellier, c’est-à-dire au moment où Pascal exposa à Port-Royal son projet apologétique, à l’automne 1660 selon Jean Mesnard.
Le « recueil original » ne fournit cependant pas l’exacte attestation du travail de Pascal à la date de sa mort, n’ayant été constitué que près de cinquante ans plus tard par son neveu Louis Périer, fils de sa sœur Gilberte. Celle-ci avait emporté en 1664 les papiers de son frère dans son château de Bienassis, près de Clermont ; après sa mort, survenue en 1687, Louis Périer veilla à leur conservation au même endroit puis décida en 1711 de pourvoir à l’avenir en confiant cette charge à l’abbaye parisienne de Saint-Germain-des-Prés. C’est alors que, pour ne pas courir le risque d’égarer des papiers épars et de tailles très diverses, il prit la précaution de les rassembler en un unique recueil, en les faisant coller sur les feuilles de cahiers de même format qu’il fit coudre ensemble. Toutefois, entre 1662 et 1711, un certain nombre de papiers avaient déjà disparu et d’autres perdu leur classement par liasse. Ainsi s’expliquent la relative incomplétude et le relatif désordre du « recueil original ».
Aux textes de Pascal ont été ultérieurement ajoutées des numérotations : elles indiquent pour chaque fragment la page correspondante dans la copie des papiers de Pascal réalisée vers 1662-1663 qui forme aujourd’hui le manuscrit Fr. 2903 de la Bibliothèque nationale de France. Ces marques sont de la main de Louis Périer sur les trois premiers feuillets, mais la suite du travail fut accomplie par les bénédictins de Saint-Germain-des-Prés après 1731, après que cette copie fut entrée en leur possession.