Cette copie, dite «&nbs;première copie des Pensées », compte 472 pages réparties en soixante-deux cahiers de longueur variable, dont chacun correspond à une unité textuelle définie. Le manuscrit est partagé en deux grandes parties. En tête (p. 1-188) figure une série de vingt-sept chapitres pourvus d’un titre et répertoriés dans une table liminaire (p. 1) qui mentionne également, sous le titre «&nbs;pLa nature est corrompue », un chapitre supplémentaire qui ne figure pas dans cette première partie du volume. La seconde partie (p. 189-472) s’ouvre par la répétition de la table de la première partie, que suivent trente-quatre groupes de fragments dépourvus de titre à une exception près (le vingt-troisième groupe est intitulé « Miscellanea »), mais clairement identifiés, comme les chapitres de la première partie, par un signe graphique marquant la fin de chacun d’entre eux, consistant le plus souvent en une fermesse (s barré). En réalité, il apparaît que le groupe initial de la seconde partie n’est autre que le chapitre « La nature est corrompue » annoncé dans la première partie. On retrouve ainsi les vingt-huit chapitres recensés dans la table liminaire, qui correspondent à autant de liasses que Pascal avait constituées en 1658 ou 1660. Les trente-trois autres groupes de textes de la copie ne correspondent pas forcément à des liasses : certains reprennent des textes qui, dans leur forme originale, se présentaient sur une simple feuille, un bifeuillet ou un cahier un peu plus fourni.
Le statut de la « première copie » a été diversement jugé par les critiques qui se sont penchés sur elle. Gustave Michaut et Léon Brunschvicg, à la fin du XIX^e siècle et au début du XX^e siècle, estimaient qu’elle constituait une première ébauche de l’édition de Port-Royal parue en 1670, la première partie contenant les chapitres qu’on souhaitait publier. Cette thèse fut définitivement invalidée dans les années 1950 par Louis Lafuma, qui en revanche voyait dans ce manuscrit la copie des papiers de Pascal prise après sa mort et évoquée par Étienne Périer dans la préface de 1670. Mais Jean Mesnard a montré en 1971 qu’il s’agissait non pas de cette copie mais d’un de ses doubles, même si les corrections et marques qu’il porte montrent qu’il a servi à la préparation des éditions de Port-Royal : à celle de 1670, par des interventions dues aux mains d’Arnauld, de Nicole et d’Étienne Périer, mais plus encore à celle de 1678, par des interventions dont Étienne Périer est cette fois-ci seul responsable. C’est notamment de sa main et en vue de l’édition de 1678 que sont tracés les nombreux signes à la sanguine ainsi que les initiales B, M, R, dont la signification reste incertaine : l’explication autrefois avancée par Paul-Louis Couchoud, qui a vu sous ces initiales les instructions « Bon », « Mauvais » et « Rejeter », n’est manifestement pas satisfaisante. Conservée d’abord par les différents enfants de Florin et Gilberte Périer, cette copie fut donnée en 1723 par le dernier d’entre eux, Marguerite Périer, à son cousin Jean Guerrier, prieur de l’abbaye bénédictine de Saint-Jean-d’Angély. Afin qu’elle puisse aider au déchiffrement du recueil original conservé à l’abbaye de Saint-Germain-des-Prés, dom Guerrier la légua à cette même abbaye, où elle parvint ainsi après sa mort, survenue en 1731.