Exécutée à peu près au même moment que la « première copie », cette « seconde copie » des Pensées s’en distingue par sa netteté : elle ne porte aucune trace d’un travail éditorial, étant sans doute destinée à servir de copie d’archive. Constituée en outre de trente-cinq cahiers de huit feuillets chacun – à l’exception de deux cahiers de quatre feuillets – et non pas de cahiers de longueur variable, elle présente aussi une autre organisation : en tête apparaît la liasse « La nature est corrompue », suivie des vingt-sept autres liasses à titres, puis d’un groupe de fragments relatifs à la « fable d’Esdras » qui est absent de la première copie ; enfin viennent les trente-trois autres groupes non titrés que contient la première copie, mais disposés ici dans un ordre différent. Sous cette diversité, Jean Mesnard est parvenu néanmoins à retrouver des traits d’organisation communs aux deux copies : si l’on observe non pas chaque groupe de fragments isolément mais les suites que forment plusieurs groupes, on remarque que d’une copie à l’autre sont conservées quelques grandes séquences, comme celle des vingt-sept liasses à titres ou bien celle des trois groupes non titrés consacrés aux miracles. La comparaison des deux copies permet ainsi d’identifier huit grandes séquences ou « grands dossiers » (Mesnard 1971), dont la constitution répond de toute évidence à différentes strates chronologiques. Les copies sont ainsi plus qu’une transcription des Pensées : elles deviennent le moyen d’approcher une histoire du texte.
La seconde copie des Pensées, à la différence de la première, ne forme pas un volume à elle seule, mais est la première partie d’un recueil de pièces relatives à Pascal. Celles-ci firent sans doute partie du legs que Marguerite Périer fit à l’oratoire de Clermont en 1723, avant qu’elles ne fussent cédées par celui-ci à l’un des siens, le P. Pierre Guerrier, neveu de dom Jean Guerrier, qui se chargea d’assembler le tout en un recueil. Ainsi entré, sans doute entre 1736 et 1746, dans la bibliothèque personnelle du P. Guerrier, ce recueil passa à son neveu, le maître des requêtes Guerrier de Bezance, qui en fit don à la Bibliothèque royale en 1779.