Dès 1663, Florin Périer mentionnait dans la préface à l’édition des Traités de l’équilibre des liqueurs et de la pesanteur de la masse de l’air qu’on avait trouvé dans les papiers laissés par Pascal à sa mort « un amas de pensées détachées pour un grand ouvrage qu’il méditait ». Aussi est-ce sous le titre de Pensées de M. Pascal que Périer se fit attribuer le 27 décembre 1666 un privilège valable cinq ans à compter de la première édition, qu’il céda quelques jours après au libraire Guillaume Desprez : de là le titre sous lequel celui-ci a publié une œuvre qui, en raison de son inachèvement, n’en portait pas.
La version la plus ancienne du texte que Desprez fit imprimer est connue par deux exemplaires de l’édition originale qui portent la date de 1669, alors que tous les autres portent celle de 1670 et présentent un achevé d’imprimer du 2 janvier 1670 – ce qui a fait improprement parler d’une « édition préoriginale » à propos de ces deux exemplaires, conservés à la Bibliothèque nationale de France (acquis du Dr Salacrou en 1851) et à la bibliothèque de Troyes (exemplaire de Charles Des Guerrois, ancien secrétaire de Sainte-Beuve). L’impression commandée par Desprez fut vraisemblablement réalisée en juin ou juillet 1669 au plus tard. On ne la diffusa qu’à un petit nombre de personnes, dont on attendait l’avis ou l’approbation avant publication définitive.
Les deux exemplaires à la date de 1669 se caractérisent par le fait qu’ils ne comportent ni le cahier des approbations ecclésiastiques ni les cahiers finaux de table des matières, imprimés ultérieurement. Mais surtout ils présentent dans de nombreux passages un premier état du texte, corrigé en 1670 par l’insertion de « cartons ». Pour d’autres passages, eux-mêmes offrent déjà un état modifié par cartons, au nombre d’onze dans l’exemplaire de la Bibliothèque, de douze dans celui de Troyes – ce qui signifie que le plus ancien état connu de l’édition originale des Pensées est offert par l’exemplaire de la Bibliothèque nationale de France, mais que l’état primitif du texte à sa sortie des presses est désormais perdu.