En transmettant la pensée d’Aristote (384-322 av. J.-C.) dans l’Occident latin, Averroès (1126-1198) va bouleverser la hiérarchie chrétienne des savoirs. Médecin et cadi de la grande mosquée de Cordoue, Averroès veut retrouver la véritable doctrine d’Aristote. Analysant ses traités, il rejette toutes les interprétations antérieures pour développer son propre commentaire. Au terme de ses travaux, Averroès considère la théologie comme inutile au philosophe pour qui la vraie science doit être démonstrative. Sa théorie de l’intelligence va même séparer radicalement la raison de la foi, rejetant autant la théologie de l’islam que celle du christianisme.
Les commentaires d’Averroès sont traduits en latin au début du XIIIe siècle. Ils soulèvent des débats passionnés qui trouvent autant de disciples que d’opposants. Relevant de deux ordres de vérités contraires, la tendance à séparer foi et raison risquait de ruiner les efforts de ceux qui voulaient au contraire les concilier à travers Aristote. Les principes d’Averroès, considérés comme dangereux, seront finalement condamnés par l’Église en 1240, puis à nouveau en 1513. C’est dire l’influence considérable du philosophe arabe en Occident.